会社を譲渡したときの税金。株式譲渡と事業譲渡で、手取りはどう変わるか

会社の譲渡を考えるとき、多くの方がまず「いくらで売れるか」を気にされます。ただ、経営者の方の手元に最終的に残る金額は、譲渡の方法と税金のかかり方によって変わります。

ここでは、課税の仕組みの違いを、考え方の順に整理します。具体的な税額は、会社と個人の状況によって異なりますので、税理士にご確認いただくことをお勧めします。

株式譲渡：個人の譲渡益に、分離課税がかかります

経営者個人が持っている株式を譲る場合、譲渡価格から、株式の取得にかかった費用（取得費）と、仲介の手数料などの費用を差し引いた譲渡益に、税金がかかります。

この譲渡益は、給与などのほかの所得と分けて計算する「分離課税」の対象で、税率は所得税と住民税をあわせて約20%（復興特別所得税を含めて20.315%）です。ほかの所得のように、所得が多いほど税率が上がる仕組み（累進課税）ではありません。ただし、譲渡益が極めて大きい場合には、所得税の負担を一定の水準まで引き上げる制度の対象となることがあります（この制度は、見直しが予定されています）。

会社を設立したときに出資した額が取得費となるため、長く経営してきた会社では、譲渡価格の大部分が譲渡益になることが一般的です。

事業譲渡：会社に法人税がかかります

事業譲渡では、売り手は会社です。会社が受け取った譲渡代金から、譲った資産の帳簿の価額などを差し引いた譲渡益が、会社の利益として法人税などの対象になります。

また、事業譲渡では、建物や設備、在庫、のれんなどの譲渡に消費税がかかります（土地など、消費税がかからない資産もあります）。

さらに、譲渡代金は会社に入るため、経営者個人の手元に移すには、もう一段階の手続きが必要です。

• 配当として受け取る：配当は総合課税の対象で、ほかの所得と合算されるため、金額が大きいと税率が高くなります
• 役員退職金として受け取る：退職所得として、税負担が軽くなる仕組みがあります（勤続年数などの条件によります）
• 会社を清算する：残った財産の分配を受け、その一部は配当とみなされて課税されます

このため、同じ金額で譲っても、事業譲渡の方が、個人の手取りが少なくなることが多いと言われています。ただし、会社に繰越欠損金がある場合など、事情によっては結論が変わります。

役員退職金を組み合わせるという考え方

株式譲渡でも、譲渡の前後に、会社から経営者に役員退職金を支払うことがあります。

役員退職金を支払うと、会社の財産が減るため、株式の価値（譲渡価格）は下がります。その一方で、退職所得は税負担が軽い仕組みのため、株式の譲渡益と退職所得の組み合わせ方によって、合計の手取りが変わることがあります。

ただし、役員退職金には、金額が過大と判断されると会社の経費として認められないリスクや、実際に経営から退いていることが求められるといった論点があります。支給の額と時期は、税理士と相談して決めます。

買い手から見た違い

税金の扱いは、買い手の判断にも関わります。

• 株式譲渡では、買い手は会社をまるごと引き継ぐため、過去の税務のリスクも引き継ぎます。税務のDDで、申告の状況が確認されます
• 事業譲渡では、買い手は取得した資産を時価で計上し、のれんを税務上償却できる場合があります

売り手と買い手で有利な方法が異なることもあるため、税金の違いは、価格の交渉の材料にもなります。

進め方のご提案

税金は、譲渡の方法を選ぶ段階で比べておきたい項目です。方法を決めてから計算すると、選び直しが難しくなります。

当社では、譲渡の方法ごとに、手取りがどう変わるかの考え方を整理するお手伝いをしています。具体的な税額の計算と申告は、税理士にご相談ください。お問い合わせよりご連絡いただけます。